В настоящее время министерство по природопользованию и экологии ведет работу по организации двух особо охраняемых природных территорий в Лоухском и Пудожском районах. Актуализированы материалы обоснования их создания, администрации районов провели общественные обсуждения, проводится государственная экологическая экспертиза.

В частности, на территории Лоухского района на Керетских островах в акватории Белого моря планируется к созданию ландшафтный заказник. Эти уникальные острова включают в себя особо ценные и уязвимые малонарушенные природные комплексы, расположенные в скальных островных ландшафтах, а также являются местом воспроизводства птиц, в том числе редких, в период весенней миграции. В Пудожском районе продолжаются работы по образованию особо охраняемой природной территории "Чукозеро" в целях сохранения ценного в экологическом, научном и рекреационном отношениях природного комплекса озера Чукозеро и его окрестностей.

Основной целью экологической политики, проводимой правительством Республики Карелия, является оздоровление экологической ситуации и улучшение качества природной среды в регионе. Особое внимание уделяется развитию сети особо охраняемых природных территорий и сохранению биологического разнообразия.

Придание определенным участкам статуса особо охраняемых природных территорий свидетельствует об их уникальности и особом значении для сохранения ландшафтного и биологического разнообразия. Особо охраняемые природные территории также могут иметь особое научное, культурное, эстетическое, рекреационное и оздоровительное значение.

Государственное управление в области организации таких территорий регионального значения в Карелии возложено на министерство по природопользованию и экологии, за период деятельности которого было создано 5 региональных ООПТ на общей площади более 50 тыс. га.

В 2015 году в Калевальском районе получила статус гидрологического заказника самая крупная в Республике Карелия болотная система, состоящая из болот Юпяужшуо и Кепашуо и являющаяся эталоном разнообразия карельских болот Фенноскандии. В 2016 году на территории Пудожского района природный комплекс озера Варгачное-Корбозерское и его окрестности объявлены ландшафтным памятником природы регионального значения.

Всего в Республике Карелия по состоянию на 1 сентября 2016 года существует 136 особо охраняемых природных территорий регионального значения общей площадью 416,3 тыс. га или 2,31% от площади республики, в том числе 1 природный парк, 32 государственных природных заказника и 103 памятника природы.

Наличие особых рекреационных, эстетических и культурных качеств делает особо охраняемые природные территории привлекательными с туристической точки зрения. Естественные природные условия и нетронутая природа этих территорий привлекает с каждым годом все больше туристов. Возрождение историко-культурных объектов на таких территориях способствует развитию паломничества. Природно-рекреационный и историко-культурный потенциал отдельных особо охраняемых природных территорий огромен. Расположенные на них уникальные природные и культурные объекты известны не только в Карелии и России, но и за их пределами.

Вовлечение в рекреационную деятельность природно-ресурсного потенциала региональных особо охраняемых природных территорий имеет немаловажное значение в интеграции ООПТ в социально-экономическое развитие Республики Карелия. Однако такая деятельность должна быть регламентированной и рациональной и с обязательным соблюдением правил пребывания и использования природных ресурсов на особо охраняемых природных территориях.